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受菜農育苗設施的限制，各類低溫病害在西瓜苗期發生很多，每年都有很多菜農育苗失敗，不得不買苗、借苗，甚至換茬種植其他蔬菜。想要育好苗，關鍵就是做好病害的預防，等到病害發生后再防治，損傷已經造成，即使治好也不如正常苗子。
1.改善設施條件，提高保溫性
墻體覆蓋秸稈、薄膜等，草簾更換新的或多層覆蓋，增強棚室保溫性，必要條件下棚內設置火爐、電暖風等提高溫度。遇有連陰天時注意人工補光，使用LED燈、高壓鈉燈等專用補光燈。
2.降低棚內濕度
西瓜棚內鋪撒生石灰、秸稈等吸濕，降低棚內濕度。在提高棚溫的基礎上，分次合理通風，減少氣害，降低濕度。
早用生物菌劑等功能性產品，提高苗子抗逆性
育苗時，在基質中拌入或砧木出苗時噴灑生物菌劑，如益禾園微生物菌劑等；出苗后，連續噴灑甲殼素500倍，可提高植株抗病性，減少病害發生。
3.加強重點時期防控
嫁接前后，間隔3-5天，分別噴灑惡霉靈、氯溴異氰尿酸、加瑞農等預防病害。
病害發生后，則應盡早對癥用藥，菌核病可選擇撲海因、腐霉利、咯菌腈等噴灑防治，炭疽病可選擇咪鮮胺、甲基硫菌靈等防治，細菌性病害則可選擇加瑞農、噻唑鋅等防治。
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