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蘿卜病害主要是病毒病和黑腐病。病毒病至今無特效藥劑，主要辦法是治蚜，防止高溫干旱。黑腐病是由黑腐菌引起的病害，主要癥狀是根部中心變黑以及肉質根的維管束變黑腐爛。病菌在種子、病株殘體上越冬，借雨水和昆蟲傳播。應選用抗病品種，一般青蘿卜輕，白蘿卜重，也可用50℃溫湯浸種30分鐘，噴灑800倍新高脂膜。驅除地下病蟲，隔離病毒侵害，同時還可提高出苗率。
另外，還有軟腐病、霜霉病、白斑病等，主要也是通過選用抗病品種，深溝高畦，控水滅蟲等綜合辦法防治。蘿卜蟲害有黃條跳甲、小地老虎、菜青蟲(菜白蝶幼蟲)和鉆心蟲(菜螟幼蟲)等。黃條跳甲成蟲可用90％敵百蟲1000倍液打藥防治，幼蟲可在灌水后再用上述藥液灌澆。小地老虎可用20％殺滅菊酯乳劑8000倍液噴灑，也可堆草誘殺，在使用藥劑時同時使用新高脂膜，可提高藥效。
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