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大蔥發生根腐病主要原因是由于連續多年種植，土壤中病原菌增多，極易造成大蔥根腐死棵。受連續陰雨天氣影響，土壤濕度過大，透氣性下降，影響根部正常呼吸，植物自身抗性下降。若此時培土，蔥根埋得較深，會加劇了病害的發生，所以做好前期預防是關鍵。
大蔥培土前，可隨水沖施生物菌肥和植物電子肥，增加土壤有益菌，抑制病原菌侵染；或在溝內撒施土壤菌毒凈(敵克松+惡霉靈)，然后進行培土。培土后，若發現病株，要及時扒開壟土，施入72%普力克800倍液+用護樹大將軍+根施通，三者配合灌根防治。
在多雨天，要注意做好大田排水，避免積水漚根，誘發根腐病等。對于螻蛄、蔥蛆等害蟲，可用辛硫磷顆粒+新高脂膜噴施進行來防治。在多年種植大蔥的地塊，應與其他作物輪作，避免病害發生。
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