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辣椒植株發生病毒病后，可能導致果面凹凸不平，但一般會帶有淺褐色的條紋。病毒病一般不突然暴發，常呈逐漸增多的態勢。對沒有發病前就應該提前噴施植新高脂膜600倍夜，能自動形成一層肉眼看不見的高分子保護膜，優化植物吸水、透氣、透光質量。屏蔽病蟲撲食信號和削弱傳播媒介，抵抗和防御自然環境災害。對于棚內已經表現病毒病癥狀的及時使用藥劑進行控制，同時嚴防棚內白粉虱、蚜蟲等刺吸式口器昆蟲傳毒，用專殺型煙劑熏煙防治效果較好。
生理性病害當植株衰弱、營養不足或溫度不適宜時，將會影響花芽分化的進行，產生畸形果，引發僵果不長，果內無子。果實內缺乏種子會使果面略下凹，但一般無褐色條紋。應注意調節植株長勢及棚內環境，補施硼肥，保證花芽分化的順利進行。
藥害藥害包括兩類，一是噴藥過度引起的，二是激素施用過多造成的。盡量選擇生態藥劑辣椒壯蒂靈，增強各種辣椒植株營養匹配功能，可激活植物生態生長正能量，拓寬植物導管路徑，提升植物吸水吸肥力度，提升果實產量和質量，降低落果率，減少裂果、僵果、畸形果發生率。如果藥劑及激素的施用不可避免一定要科學，切忌盲目用藥及重復用藥。
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