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芥藍的病害較少，北京地區多見黑腐病，此為細菌性病害，高溫高濕易發生。芥藍的病蟲害防治如下。
成株葉片多發生于葉緣部位，呈“V”形黃褐色病斑，病斑的外緣色較淡，嚴重時葉緣多處受害至全株枯死。
幼苗染病時其子葉和心葉變黑枯死。
防治方法為選用抗病品種，避免與十字花科蔬菜連作，發現病苗及時拔除，初發現病斑即噴灑殺菌劑，如百菌清等。
另外，溫室栽培在溫度偏低，濕度大時葉片、莖和花梗易發生霜霉病。
發病初期要及時摘除病葉，立即噴灑藥防治，常用藥劑是40%疫霜靈可濕性粉劑300倍液、75%百菌清可濕性粉劑600倍液、50%敵菌靈可濕性粉劑500倍液或65%代森鋅可濕性粉劑500倍液。
芥藍常見蟲害有菜青蟲、小菜蛾和蚜蟲。苗期用殺蟲劑防治，可用敵百蟲1000倍液。
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