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砧木扦插嫁接法也叫蔬菜、砧木共同斷根嫁接法，該嫁接法將蔬菜苗和砧木苗從地里拔出，按嫁接要求進行苗莖削切或插孔，并配對嫁接后，再將砧木苗莖扦插到準備好的育苗基質中，進行幼苗培養。
砧木扦插嫁接法由于不受砧木根系的影響，可以較好地控制砧木苗莖的高度，比較適用于砧木苗莖偏高一類砧木苗的嫁接。另外，該嫁接法還適用于用砧木的苗莖切段作砧木與蔬菜進行嫁接育苗，擴大砧木的繁殖系數，在砧木苗數量不足時應用此法，有利于確保栽培用苗。
但是，砧木扦插嫁接法由于是用砧木苗莖扦插法培養成苗，嫁接苗成活期間幼苗的供水狀況受砧木根系的發生情況影響很大，一旦環境不利于砧木苗莖生根，或導致苗莖染病，嫁接苗的成活率極低。所以，砧木扦插嫁接法對嫁接育苗的環境要求極為嚴格，嫁接苗成活率更難以掌握，適用的蔬菜品種范圍也比較窄，主要適用于扦插后容易生根的一些蔬菜品種，例如番茄、茄子等。因此，目前該嫁接法的應用比較少，除了番茄和西瓜少量應用外，其他蔬菜上很少應用。
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