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大棚西瓜發生枯萎病時植株莖的橫斷面有黃褐色斑點；發生根腐病的植株，根部變褐色、腐朽。這兩種病害都是土壤傳染性病害，也是導致萎蔫死苗的重要原因。防治應注意避免連作，實行5年以上的輪作換茬，不與瓜類作物連作；土地應深翻，或用根施通配合殺菌劑灌根，促進根系生長發育，提高抗病力；采用無病的大田土育苗，防止幼苗感染；播種前用新高脂膜拌種，可保溫、保濕、吸脹，提高種子發芽率，使幼苗健壯。驅避地下蟲害，隔離病毒感染。也可與種衣劑混用。發病嚴重的可用抗病的葫蘆作砧木嫁接育苗；發病初用根施通配合殺菌劑灌根，防治效果良好。
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