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一、種子消毒甜瓜種子表面甚至內部都可攜帶多種病原菌，成為幼苗及成株的侵染來源。因此，播種前須進行種子消毒。常用的方法有以下幾種：
二、溫湯浸種：將相當于種子體積3~4倍的55÷水，倒入盛有種子的容器內，不斷攪拌，待水溫冷卻到25-30℃時停止攪拌，浸種6-8小時。該方法簡便、適用，不僅能殺死種子表面的病原菌，而且有促進種子吸水的作用，但對種子內部的病菌殺滅不徹底。
三、藥劑浸種消毒：將種子放入配好的藥液中來殺菌消毒。常用的藥劑有25%苯來特可濕性粉劑500倍液，或50%多菌靈可濕性粉劑500倍液浸種1小時；用0.3%福美雙拌后播種，或用10%磷酸三鈉浸種20分鐘。藥劑浸種要求準確掌握藥劑濃度和浸種時間，浸種完畢后，取出種子要用清水沖洗干凈，否則會影響種子發芽率。
四、干熱消毒：將充分干燥的種子在70℃的干熱條件下處理3天，然后浸種催芽。
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