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辣椒從播種到收獲的整個生長過程中，有許多病害。苗期主要有猝倒病、立枯病、灰霉病和漚根；成株期病害有青枯病、枯萎病、病毒病、晚疫病、炭疽病及瘡痂病等。

一、病毒病

辣椒病毒病又叫辣椒花葉病，常見癥狀有四種：花葉、黃化、壞死和畸形。花葉是辣椒植株上出現最早、最普遍的癥狀，主要表現為病葉出現濃綠和淡綠相間的斑駁。根據嚴重程度不同，花葉又分為輕花葉和重花葉。輕花葉葉片基本平整，重花葉葉片上有泡狀斑、皺縮，葉面常常凹凸不平。黃化常常表現在心葉、嫩葉明顯變黃，有時整株或局部也有較多黃葉，出現落葉現象。壞死是指病株部分組織變褐壞死，出現條斑、頂枯、壞死斑駁及環斑等，引起大量落葉、落花、落果。畸形即病株變形，如葉片呈線條狀，或植株矮小，分枝極多呈叢枝狀、不結果或少結果。

病原及發病特點：引起辣椒病毒病的病毒有多種，但主要有黃瓜花葉病毒和煙草花葉病毒。煙草花葉病毒可以在煙草制品、干燥的病株殘體、種子表面及土壤中的病殘組織中越冬。黃瓜花葉病毒則多在其它寄主中越冬。黃瓜花葉病毒和煙草花葉病毒均可通過蚜蟲傳播，但煙草花葉病毒主要靠接觸及傷口傳播，黃瓜花葉病毒則主要由蚜蟲傳播。病害發生與氣溫關系密切，遇到高溫干旱天氣，易促進蚜蟲傳毒而導致病毒流行。此外，連作地、肥力差的地塊發病重。

防治方法：

1、選種抗病、耐病品種。可選種粵豐一號、粵豐二號、新豐五號、中椒5號、中椒11號等。

2、種子消毒。采用10%磷酸三鈉溶液浸種20--30分鐘后清水漂洗干凈催芽播種。

3、摘除病果。摘除病果、老果以及病葉，減少田間病源、減少病株的營養消耗，增強田間透氣性，促進植株恢復生長。

4、滅蚜防病。注意防治蚜蟲、薊馬、螨類等害蟲，切斷病毒病的傳染源。在蚜蟲發生期間，噴灑73%克螨特乳油2000倍液，或21%滅殺斃乳油6000倍液，或2.5%溴氰菊酯乳油3000倍液，或2.5%功夫乳油4000倍液。

5、藥劑防治。發病初期噴20%病毒A可濕性粉劑500倍液；或1.5%植病靈乳劑800倍液；或5%病毒菌克水劑700倍液；發病較重時噴0.1%的醫用高錳酸鉀水溶液(不能與任何殺菌劑、殺蟲劑、生長激素混用)。

二、疫病

疫病是甜椒、辣椒生產的毀滅性病害。甜椒、辣椒的苗期和成株期均受疫病侵害，葉、莖和果都會發病。苗期發病有的出現猝倒，莖基部成暗綠色水浸狀縊縮或軟腐，有的莖基部呈黑褐色，幼苗枯萎而死；葉片染病時出現圓形或近圓形的較大病斑，邊緣黃綠色，中央暗褐色；果實染病始于蒂部，初生水浸狀暗綠色斑，迅速變褐軟腐，濕度大時長出白色霉層，干燥后形成暗褐色僵果掛在枝上。莖和枝條上的病斑初為水浸狀，幼嫩的枝條會迅速縊縮折倒，稍老的則出現環繞表皮擴展的褐色或黑色條斑，病部以上的枝葉迅速凋萎。

該病由一種叫辣椒疫霉的真菌引起。殘留在土壤、病殘體和附帶在種子上的病菌是主要初次侵染源。雨水飛濺和灌溉水流是傳播蔓延的主要途徑。在氣溫30℃、相對濕度85%以上是發病的最有利條件。一般在悶熱多雨或大雨后天氣突然轉晴的天氣容易發病，如果大面積連作，品種不抗病，田間漬水，偏施氮肥過重，枝葉太密通風透氣差，發生流行更嚴重。

防治方法：

1、前茬收獲后及時清潔田間，深翻土地，與非茄科類植物輪作。

2、選用抗病品種，如粵椒1、2號和廣椒1、2號等下部較疏通的品種較適合高濕多雨地區種植。

3、集中培育無病壯苗。春植椒最好盡量提前用薄膜覆蓋育苗，并覆蓋地膜種植，避開夏季高溫多雨的影響。

4、定植畦要求排水良好，施足有機基肥，及時追施肥水促秧、攻果和防衰，并在生長旺盛期配合選擇噴施靚豐素、綠芬威、高鎂施和愛多收等葉面肥

5、合理用藥。種子消毒可先用52℃水溫燙30分鐘；或清水預浸10--12小時后用1%硫酸銅液浸種5分鐘，撈出后拌少量草木灰；也可用72.2%普力克水劑1000倍液浸種12小時。發病前可選用達霜寧(75%可濕性粉劑)800倍液、乙膦鋁錳鋅(70%可濕性粉劑)500--600倍液、大生富500倍液，每7天左右噴霧一次；也可以每畝撒施3公斤硫酸銅粉于地面防侵染。田間發病時及時選用以下藥劑噴灑：霜盡(55%可濕性粉劑)800--1000倍液、滅克錳鋅(60%可濕性粉劑)600--800倍液、殺毒霜凈或卡霉通(64%可濕性粉劑)700倍液、霜露速凈(70%可濕性粉劑)1000--1200倍、瑞毒霉(58%可濕性粉劑)500--700倍液、霜霉普克(72.2%水劑)600--800倍液。

三、根腐病

根腐病由一種稱腐皮鐮孢菌的真菌引起，多發生在定植后的營養生長期。起初椒苗下部葉片萎蔫，逐步向上部葉片發展，一般白天萎蔫而傍晚至次晨恢復，反復多日后整株枯死。枯死的病株常見葉片卷曲、不脫落，與甜椒和辣椒枯萎病有顯著區別。根莖部及根部皮層呈淡褐色至深褐色腐爛，極易剝離，露出暗色的木質部。病部一般僅局限于根及根莖部，病死的甜椒苗很易拔起。

該病菌以厚垣孢子、菌核或菌絲體在土壤中越冬，有較強的腐生性，在土壤和病殘體有機質中可存活數年，是初侵染的主要來源。病菌隨雨水和灌溉水傳播蔓延，施用未腐熟透的有機土雜肥也容易帶菌傳播。甜椒育苗期較長，而且根系較淺，在高溫多雨，土壤過濕或土溫過高，移苗傷根，以及管理不當造成土壤板結，影響根系發育等情況下都會加重該病害的發生。

防治方法：精心培育壯苗，在移植時盡量不傷根，精心整理，保證不積水漚根，施用完全腐熟的有機肥作基肥。定植后如遇太陽曝曬的天氣，應使用干稻草等材料覆蓋地面以防土溫過高，并少量多次澆水以保持根區濕度和溫度相對穩定，促進根系早生快發。發病初期可以選用藥劑灌根或噴淋，根腐寧(40%可濕性粉)600倍液；或枯萎靈(30%可濕性粉)500倍液；或艾菌托(70%可濕性粉)800--1000倍液；或寶寧(60%可濕性粉)600倍液；或多菌靈(50%可濕性粉)500倍液。隔7--10天一次，連續用藥2--3次。