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大棚西瓜早春育苗期間瓜苗受低溫冷害容易出現不長真葉的“無頭苗”，特別是在沒有電熱線加溫的大棚內更容易出現。棚內溫度低時，棚膜上滴下的水落到瓜苗上，特別容易造成“無頭苗”。受害苗子葉葉尖通常會發黃，并向里凹陷。前段時間江蘇等地氣溫變化大，忽冷忽熱，低溫期極端最低溫度低，溫度管理不當時可能引發“無頭苗”。如果“無頭苗”是由低溫冷害造成的，通過加強管理，以后能從葉腋長出新芽，恢復生長，只是生育期和西瓜上市期會推遲。
使用質量較差的種子如陳種子，形成的苗生長勢弱，抵抗力差，在溫度低的情況下更容易出現“無頭苗”現象。質量差的種子往往出苗速度慢，出苗不整齊，出苗率較低。如果種子在適宜的條件下出苗快而整齊，后來才出現“無頭苗”則基本可以排除種子質量問題。
在育苗期使用除草劑，揮發出的藥物溶入棚膜上的水滴中，滴落到幼苗上，或者育苗有莠去津等除草劑殘留，也容易導致“無頭苗”的產生。生產上進行西瓜育苗時，通常對除草劑殘留十分重視，棚室加溫育苗時一般不使用除草劑，因此瓜苗因受除草劑藥害而形成“無頭苗”的可能性極小。
如果“無頭苗”上沒有病斑等其他明顯的病癥，可以排除致病微生物引發病害的可能。
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