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甜瓜選擇南瓜砧的主要優點是：高抗甜瓜枯萎病，也比較耐低溫，根的吸肥和吸水能力較強。該砧的主要缺點是，選用品種不當或與甜瓜的嫁接組合不當時，嫁接苗的成活率較低，嫁接親和力也較差。南瓜砧嫁接甜瓜能徹底防止甜瓜枯萎病的危害，也能明顯地增強甜瓜在低溫期里的生長勢，果實個大，易獲高產。但南瓜砧嫁接甜瓜容易引起瓜秧旺長，推遲結瓜，也容易引起果實品質變劣，形成綠條瓜和果皮斑點瓜，并使果肉變劣。不過南瓜砧品種間對甜瓜的不良影響程度差異很大。南瓜砧目前主要用在甜瓜枯萎病發生較嚴重的地塊上，在冬季溫室厚皮甜瓜栽培中，南瓜砧應用的也比較多。
由于南瓜砧與網紋甜瓜嫁接后，容易引起網紋邊形，出現網紋并狀，降低果實的外觀，因此南瓜砧一般不用作網紋甜瓜的嫁接用砧。用于嫁接甜瓜的南瓜砧主要有普通南瓜、雜交南瓜、和野生南瓜三種類型。以雜交南瓜和野生南瓜的抗性最好，對甜瓜生長勢的增強作用也最明顯，但對甜瓜果實品質的不良影響也相對大一些。
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