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水層與病蟲害的發生關系密切。水稻幼苗期間水層較深時往往導致水稻綿腐病和苗期稻瘟病的發生，水稻負泥蟲多發生在深水處，潛葉蠅、負泥蟲的幼蟲都是趨水性的。稻瘟病的孢子也有一部分是借水流動而傳播的。許多病蟲害的發生都與水稻株行間濕度在70%以上發病較嚴重，紋枯病在高濕條件下發病加重。害蟲如三化螟、稻苞蟲、稻飛虱、葉蟬等卵孵化率的高低，為害時間的長短，一般都與溫濕度條件有關。而這些條件除了受天氣的影響外，主要受灌水的影響。所以根據氣候及其他條件適當的調控水層，采取相應的灌溉措施，對減少病蟲害的發生和蔓延能起到一定的作用。
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