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由于日光溫室內的高溫、高濕條件，再加上種植蔬菜種類單一，長期連作，易導致多種病蟲危害，使蔬菜生長不良，生產成本增加，收益逐年減少。合理制定日光溫室輪作制度可以從很大程度上解決這些問題。
一、確定冬暖棚輪作年限應考慮的問題
１病原物的存活年限制定和實施輪作制度的重要目的在于防病，而病原物在土壤中存活的年限是不同的，有些病原物在土壤中可以存活６～７年，如黃瓜的枯萎病、茄子的黃萎病等，有些病原物在土壤中只能存活２～３年，如白菜的菌核病、菜豆的根腐病等。一般病原物在土壤中存在的時間越長，存活量就越少，植株的發病率就越低。因此，在制定輪作制度時，應考慮到輪作的時間越長，防病效果越好
２市場需求蔬菜生產是為了滿足市場需求，而蔬菜市場的變化非常迅速，時間過長的輪作制度不但實施困難，而且實施以后生產出來的蔬菜往往不符合市場的需求。因此，從市場需求考慮，一個較合理的輪作制度，應以２～３年為宜。
二、確定日光溫室的輪作作物要考慮的問題
１作物對土壤營養的吸收不同的蔬菜對土壤中養分的吸收比例不同。葉菜類蔬菜對氮肥吸收較多，根菜類、薯芋類蔬菜對鉀肥吸收較多，果菜類蔬菜對磷肥吸收較多。另外，不同的蔬菜對土壤中各層的養分利用率也不同。深根性的根菜、茄果類蔬菜、多數瓜類蔬菜能吸收土壤深層的養分，而黃瓜、蔥蒜類蔬菜、淺根性的葉菜只能利用土壤淺層的養分。所以，制定日光溫室的輪作制度時，應充分考慮土壤肥力的利用。
２作物對土壤結構的影響豆類、禾本科的蔬菜有利于改良土壤結構；蔥蒜類蔬菜和根系發達的瓜類蔬菜能夠在土壤中遺留較多的有機質，有利于土壤團粒結構的形成；習慣上重施有機肥的黃瓜、番茄、大白菜等對培肥土壤有利。由于日光溫室造價高，建造困難，一般情況下建造一次使用多年。因此在制定輪作制度時應盡可能地使用對改良土壤有利的蔬菜。
３作物對土壤酸堿度的影響豆科作物、甘藍、馬鈴薯往往給土壤遺留較多的有機酸，而南瓜、甜玉米、菜苜蓿會提高土壤的堿性。制定日光溫室的輪作制度時，應避免作物對土壤酸堿度的影響向一個方向變化。
４輪作物的淡季市場上每一種蔬菜作物都存在淡季，如西瓜在秋冬是淡季，蓮藕在春夏是淡季，白菜在夏天是淡季，果菜類蔬菜在早春是淡季，豇豆在冬春市場上的缺口很大。日光溫室是一種堵淡的園藝設施，成本很高，制定輪作制度時，應盡可能選淡季市場缺口大的作物。
三、日光溫室輪作制度的制定方法
日光溫室在生產上的利用形式已非常廣泛，但一些地方的利用形式卻十分單一，在制定輪作制度時要充分考慮日光溫室的利用形式。生產上可利用的形式有：喜溫性蔬菜作物的越冬栽培，如黃瓜；耐熱性蔬菜作物的延遲栽培，如茄子、西瓜；喜光耐熱性蔬菜作物的早熟栽培，如甜瓜、豇豆；喜涼性蔬菜作物的越夏栽培，如白菜、菠菜。時間安排上，要盡可能以旬為單位，以提高土地利用率，減少棚地的休閑時間。
具體的制定方法是：
首先，要確定輪作年限。
第二步，要根據市場需求，選種自己掌握一定栽培技術的蔬菜。
第三步，把性質相同的蔬菜進行歸類。歸類時要把可以在同一季節種植的同一科的蔬菜歸為一類，列表記錄，再把對土壤影響相同的蔬菜歸為一類，列表記錄備用。
第四步，安排生產計劃。安排計劃時把歸為一類的蔬菜當作一種對待。計劃安排以旬為單位。制定計劃時，病原物在土壤中存活時間長的寄主（輪作物）間隔時間要長，反之可短些。 對土壤影響相反的蔬菜要靠近安排。第五步，重復第四步的過程，制定幾種可行的種植模式。最后，根據最近幾年的市場情況和自己的種植水平，評價這幾種模式，從中選出最適合自己的高效模式。評價時，可根據市場行情和預計產量計算產值，計算產值時要計算一個輪次的總產值。其中產值最高的模式，即是所需的輪作模式。
四、日光溫室輪作制度的實施
輪作制度實施時，要根據生產計劃依次種植，一個輪次結束后，再從頭開始，如此反復進行。具體實施過程中要注意以下幾點：
第一，要根據市場行情隨時調整所種植蔬菜的商業品種。例如，把普通番茄調整為櫻桃番茄，把辣椒調整為太空椒。經過調整后，蔬菜的科技含量升高，效益會大幅度提高。
第二，實施輪作制度后土地的休閑時間很短，施肥時要注意重施有機肥。
第三，提前育苗，不誤農時，節約棚地利用時間，留足備用苗，保證苗全，提高單茬產量。
第四，完善種植技術。對自己不很熟悉的蔬菜，其種植技術要提前觀摩學習。對于熟悉的蔬菜要找出最適合這種制度的種植方式。如黃瓜是采用普通種植方式還是加行密植，西瓜是爬地種植還是搭架栽培，辣椒是任其生長還是進行整枝，番茄是采用“Ｕ”形豐產法還是矮化密植……只有充分注意到以上幾點，在實施日光溫室的輪作制度時，才能充分體現它的優越性，這樣才能更好地減輕病害、改良土壤、增產增收。
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