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侵染番茄并給生產造成嚴重損失的病毒種類有TMV、 CMV兩種，另外參與侵染或侵染面比較小的還有PVX、PVY等。
TMV是一種很頑固的病毒，既能耐高溫又有一年以上的體外存活期，在病株殘體、土壤、糞肥中都有存活，由于它是系統侵染的，所以在收獲的種子中也能檢出存活的病毒。造成當年第二茬或第二年繼續侵染的來源，主要是土壤中和種子內外殘存的病毒，這兩條途徑形成了苗期的初侵染， 使田塊中出現中心病株。真正使全田塊百分之三四十甚至于六七十植株發病而導致嚴重減產和絕產的，是一次又一次的重復再侵染。這些重復再反染的途徑主要是人和工具多次在田間進行操作，以及植株向葉片的互相摩擦。
CMV是一種寄主范圍很廣的病毒，在多種蔬菜和雜草上都有存活。雖然它的體外存活期很短，但廣泛存在多種蔬菜和雜草上。在自然界有廣泛的來源。這種病毒的傳播主要靠蚜蟲刺吸口針多次探吸和取食汁液而傳播，當這種病毒與TMV在番茄植株上復合侵染時，病毒病的病情就特別嚴重。
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