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一般來說能夠侵染黃瓜地上部莖蔓以及嫁接口的病害主要有根腐病、蔓枯病、枯萎病、疫病、菌核病等。黃瓜莖基部主要有兩種情況：
1、水浸狀、軟化縊縮，嚴重者表皮完好，內部腐爛發臭，微管束不變色，多發生于嫁接口附近;
2、侵染嫁接口，流出琥珀色或者白色膠狀物。
第一種情況主要病因為疫病，可用噴霧與灌根結合防治。可選藥劑：科博、甲霜銅、百菌通等，另外要混摻細菌性藥劑。第二種情況主要是蔓枯病、枯萎病侵染所致。蔓枯病流白膠，枯萎病通常出現琥珀色膠狀物。蔓枯病可選藥劑：百可得、咪鮮胺、福星、三唑酮等藥劑;枯萎病防治主要采取灌根方式，可選藥劑：雙效靈、增效多菌靈、甲基立枯磷、農抗120、高錳酸鉀等藥劑。
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