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病原菌為甜瓜球腔菌，屬子囊菌亞門真菌。主要侵染莖蔓，也侵染葉片和果實。莖基部發病時，首先節部呈油浸狀，生成膠狀物，微凹陷。不久變為灰白色，出現裂痕，膠狀物干燥變為赤褐色，病斑上出現無數個針頭大小的黑粒（分生孢子器）。濕度大時，莖的節與節之間和葉柄及果梗上也出現油浸狀褐色病斑，橢圓形至不規則形，并伴有裂痕，病斑上形成無數小黑粒，葉柄常從病斑部位折斷，葉片枯死。在葉片上主要危害葉緣、葉柄及葉脈，形成圓形或橢圓形淡褐色至灰褐色大型病斑，病斑干燥易破裂，病斑上形成無數小黑粒。果實染病，初產生水漬狀病斑，后中央變為褐色枯死斑，呈星狀開裂，內部木栓化，病斑上形成小黑粒。
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