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　　自留種的純度降低，抗蟲性能和產量明顯下降。棉花屬常異交作物，異花授粉率一般10%左右，高者可達20%。因此，抗蟲棉的繁種田周圍需設置寬500米以上的隔離帶，在隔離帶內不能種植棉花。如不設置這樣的隔離帶，其他棉花的花粉就會造成繁種田的棉種出現混雜。這樣的隔離防雜要求，對于一家一戶的棉農來說是很難做到的。對于常規棉來說，稍有點混雜，造成的損失不顯著。可對抗蟲棉來說，少量混雜便可造成較大損失。因為目前種植的抗蟲棉，均對3齡以上棉鈴蟲幼蟲的殺滅作用較差。混入的雜株不抗棉鈴蟲，棉鈴蟲不但在其上存活為害，而且還會向周圍抗蟲棉株上遷移為害，為害較重時，若不及時防治，就會造成明顯減產。若棉農誤認為自留抗蟲棉種的后代與從原正規種子繁育單位所購種子一樣，種植后不加強田間去雜和蟲情監控的話，其損失必將十分慘重。

　　雜交抗蟲棉只能種植雜交第一代種，不能種植雜交第二代種。我國目前推廣種植的美國抗蟲棉新棉33B、新棉32B等，是常規抗蟲棉品種，只要搞好提純復壯，不需搞雜交制種便可多年種植。而中棉所29號、中棉所38號、魯H9513、魯RH-1等品種都屬于雜交抗蟲棉類型，只能種植雜交第一代，需建立制種田，每年都需要配制雜交一代用于大田生產。種植的雜交第一代所產的種子便是雜交第二代。若將雜交二代種用于生產，田間長出的棉株便出現嚴重分離，株形各異，抗蟲性能和產量品質大幅下降。因此，種植雜交抗蟲棉不能留種，需年年購買雜交一代種用于生產。

　　自留種的種子加工質量差。國家種子企業生產的抗蟲棉種，是按照國家棉種繁育程序和質量標準進行生產的，采用先進的種子加工設備，嚴格的質量檢測，質量合格后才能經銷。棉種經過機械淘汰篩選、硫酸脫絨、種衣劑包衣、分袋包裝等多道工序加工而成。國家種子企業生產種子的這些質量標準，棉農自留的毛籽是根本做不到的。為此，棉農朋友莫用自留抗蟲棉種，以防減產減收。