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要貯藏好棉籽，首先要選質量好的棉籽。霜前花種仁飽滿，種質堅硬、成熟度好，耐貯藏。所以應對不同時期收獲的籽棉分期進行扎花，選用霜前收獲的成熟棉籽貯藏留種。
棉籽種皮堅硬，外有短絨，種皮與種仁之間有空氣層，在低溫干燥條件下可以長期貯藏，是農業作物中壽命較長的種子。但是，如果貯藏不當，從扎花到播種的5～6個月里也會發熱霉變，喪失生活力。
在棉貯藏中應注意：
1.降低含水量，含水量11%以下的棉籽適宜長期貯藏，即使受熱、受凍，都不致于影響種子發芽率。如果種子含水量在13%以上，往往因為呼吸作用旺盛而造成種子發熱變質，所以對高水份的棉籽要做及時涼曬，使其干燥降低含水量。
2.堆垛貯藏，棉籽的散落性較差，宜于堆貯藏。庫內散裝一般不宜超過庫容的1/2，以利于通風換氣。冬春雨雪較少的地區，可采用露天堆垛。垛的大小可以根據種子的數量而定。一般做法是，墊好垛底，鋪50厘米厚的棉籽，逐層堆高，逐層踩實，并用力鈄四周拍緊，由下而上逐漸收縮，形成下寬上窄、高3～4米的棉籽垛。頂部堆成橢圓形。堆好垛后，將垛頂和四周苫好，或用草簾圍嚴，防止雨雪侵入。
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