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　　當前，盡管有關植物提取物對植物病原菌抗菌活性的研究較殺蟲活性的研究少得多，但是，植物仍被認為是化學合成殺菌劑替代品最好的開發資源。
　　植物源殺菌劑是利用有些植物里含有的某些抗菌物質或誘導產生的植物防衛素，殺死或有效抑制某些病原菌的生長發育。植物體內的抗菌化合物是植物體產生的多種具有抗菌活性的次生代謝產物，包含了生物堿類、類黃酮類、蛋白質類、有機酸類和酚類化合物等許多不同的類型，如毛蒿素(Capillin)、皂角苷類(Saponin)。曾有人報道過1389種植物有可能作為殺菌劑。
　　植物防衛素指的是當植物體受病原微生物侵染后，由植物體合成并在植物體內積聚的化合物，如海紅豆(ErythrinacristaGalliL.)中提取的紫檀素(Pterocarpans)，它們是植物體的應答反應。原白頭翁提取液對小麥赤霉菌菌絲有較高的抑制率，不僅可抑制菌絲擴展，還可使病原菌碟上菌絲萎縮，91502-5制劑是由原白頭翁提取液加工而成，其大田試驗結果表明，該制劑具有較好的防治效果和明顯的增產作用。黃連體內含有大量的生物堿，這些生物堿除對許多病原真菌的菌絲生長和孢子萌發有抑制作用外，對水稻白葉枯病菌也有很強的抑制作用。
　　植物源殺菌物質在自然界中廣泛存在，是尋找理想殺菌劑的重要來源。從苦皮藤假種皮中分離鑒定出4種化合物，其中化合物II(lα、2α、4β、6β、8α、9β、13-七烴基-二氫沉香呋喃)有殺菌活性，對玉米小斑病菌孢子萌發的抑制毒力為169.29mg/L。從麻黃和細辛中提取的揮發油對植物病原菌等均有較強的抑制作用。厚樸葉粗提物對多種植物病原真菌有很強的抑制作用，在盆栽和大田試驗中均表現出較高的防治效果。
　　銀杏粗提液對多種果樹病害具有一定的防治效果。以銀杏中生物活性物質B的化學結構為模板，萊陽農學院仿生中心成功地合成了擬銀杏殺菌劑——綠蒂，它對多種病原菌有顯著的抑菌和殺菌作用。研究結果表明，毛金竹、毛竹、青皮竹、短穗竹等竹提取物表現出較強的抗真菌作用，72h對小麥赤霉病菌的菌絲抑制率均在80%以上。在對56種植物進行抑菌活性篩選表明，萵苣、蒼耳、苦豆子等多種植物具有較強的抑菌作用。苦參提取物抑菌活性的研究表明，苦參乙酸乙酯提取物對多種真菌和細菌有顯著的抑制作用，抑菌圈直徑為10~42.nm。近年來，湖南用山蒼籽油配制的乳劑，對茶樹主要病害茶紅銹病、茶黃萎病、茶云紋葉枯病和棉花枯萎病、黃萎病等有較好的防治效果。薄荷等粉碎物以土重0.5%~0.1%的用量處理嚴重感染棉花枯萎病的土壤，防效達43.9%~74.3%。煙草、茶餅、魚藤、雷公藤等植物的提取物能抑制某些病菌孢子的發芽和生長，或阻止病菌侵入植株。另外，還發現許多植物具有較強的抑菌活性，如茶子、花椒、某些紅樹以及厥類植物等。
　　植物源抗病毒劑。植物病毒有"植物癌癥"之稱，目前已知的約有1000余種，在農業上具有很大的危害性，其危害程度僅次于真菌病害。據統計，全世界每年因植物病毒病害造成的損失就超過150億美元。由于植物病毒大多具有絕對內寄生性和系統侵染性，所以，植物病毒病的防治較為困難。
　　從90種植物中篩選出小黎(Chenopodiumserotinum)和玉簪(Hostaplantainea)兩種植物的抽提液對番茄花葉病毒病有一定的治療作用；連翹、大黃、板藍根的提取液對TMV具有穩定的療效；大黃提取物不僅影響番茄植株內TOMV(番茄花葉病毒)的含量，還影響其癥狀表現。紫衫皮提取液對植物病毒具有較明顯的抑制作用。據研究，由商陸、甘草、連翹等幾種植物提取物配制而成的復配劑MH11-4對植物病毒有較好的防治效果。植物提取液雖對植物病毒有一定的防效，但因其成分復雜，受環境影響后作用機制相互制約，在實際生產應用上往往穩定性差。因此，要從植物中開發出安全、有效的抗病毒劑，還需對植物提取液中抗病毒活性物質以及其抗病毒作用機理等方面進行深入研究。
　　有的植物既抗真菌、又能抗細菌、殺線蟲和其它害蟲，可見植物源殺菌劑對靶標具有廣譜性。殺線蟲植物源包括大蒜(AlliumsativumL.)、穿心蓮(AndrographispaniculataNess)、苦楝皮(AzadirachtaindicaAdr.Juss)、常春藤(HederahelixL.)、煙草(NicotianatabacumL.)等。抗細菌植物源包括大蒜(AlliumsativumL)、穿心蓮(AndrographispaniculataNess)、荊芥(Fineleafschizonepeta)、洋蔥(Alliumcepa.L..)、仙鶴草(AgrimoniapilosaLedeb..)、半枝蓮(Scutel-laruabarbataD.)等。