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目前生產上防治水稻惡苗病的方法為藥劑浸種，使用的藥劑品種主要有“901”、惡苗靈、一浸靈、咪鮮胺等。有些殺菌劑在我省使用已有十余年之久，長期單一使用一種殺菌劑會造成病原菌產生抗藥性，從而影響殺菌效果。浸種時對，一般還要求每天攪拌一至兩次。現場調查這幾種藥劑都有，但具體操作有差異，不同藥劑之間的防治效果也有顯著差異。
低溫和種子處理操作不規范對防病效果也有較大影響。藥劑浸種時每種殺菌劑對藥液的濃度、浸種量、溫度以及浸種時間都有嚴格要求。今春的低溫對藥效發揮有一定影響。部分稻農種子處理操作不規范也導致了水稻惡苗病防治效果不理想。
1、苗床發病稻株應拔除后再移栽，移栽前最好使用藥液潑澆處理苗床（咪鮮胺25%EC2000—3000倍液）。本田發現病株要及時拔除。
2、育苗時種子處理要規范，所用的浸種藥劑要選用使用年頭少，藥效好的品種，如咪鮮安等，不同品種的稻種應單獨浸種或采用紗網袋分裝。
3、種子田盡量選用無病或發病輕的田塊留種。
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