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甘蔗雜交首先需要檢查花穗中花粉的育性，花粉發育好的親本一般作為父本，花粉發育差的親本一般用作母本。雜交前母本還要去雄以避免自交；雜交時父本要放在母本的上方，父本的花粉易于飄落在母本的柱頭上，使雜交易于成功；空氣流動，甘蔗花粉易漂移，為了避免其他父本竄粉，雜交授粉前還需專門用密度大而透氣的白布給“新郎”、“新娘”做一個新房；甘蔗雜交時間一般需要7天，為了提高受孕率，每天上午9～11時還需要人工抖動父本，以便于花粉飄落到母本柱頭上，以提高雜交成功率。常用的雜交方法有：亞硫酸法和高壓法兩種。
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