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防治向日葵菌核病首先要注意實行輪作倒茬和清除病殘體。提倡向日葵與糜黍、谷子、玉米等禾本科作物輪作，避免與豆科、茄科連作。輪作年限至少3～5年。秋收時盡量清除秸稈，刨出根茬并深翻10厘米以上。
其次是化學防治。包括用2.5％適時樂種衣劑包衣處理，藥與種子的比例為1∶50或用50％多菌靈可濕性粉劑500倍液浸種4小時；防治立枯型可用速克靈可濕性粉劑每畝1公斤拌適量砂土，結合播種均勻撒入播種機開溝內；田間發病初期用速克靈或菌核凈對水逐株灌根防治，每穴2～3兩藥液，每隔7～10天灌防一次，至少兩次。防治爛盤可用40%紋枯利（菌核凈）800倍～1000倍液、乙烯菌核利或50%速克靈500~1000倍液、50%甲基硫菌靈（甲基托布津）1000倍液噴霧或多菌靈500倍液在盛花后間隔7天，連噴2~3次。
另外種植抗病品種、進行覆膜種植、變等距為大小壟種植、調節播期、建設無病留種基地、實行統一供種也有一定的防治效果。
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