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番茄筋腐病為生理病害，多在果實膨大至成熟期發生。果實外觀前期表現為自果蒂向果臍的條狀灰色污斑，嚴重時呈云霧形。后期病部顏色加深，病、健界限更加明顯。大部分果實橫剖面見到維管束變灰褐色，細胞壞死，果壁硬化。嚴重時果肉褐色木質化，品質變劣，淡而無味。從縱面看，自果柄向果臍有一道道黑筋，故叫筋腐病。
病害發生與品種、氣候及栽培條件有關。一般情況下，中、晚熟品種如佳粉1號、2號、15號、強豐等，生長勢強，葉量大，病輕或不發病。早熟品種發病重，偏施氮肥、光照差、夜溫高、土壤板結，也會發病重。
在防治上，一是應選栽發病輕的中晚熟品種。二是多施有機肥、土雜肥，施用氮肥要適中，增施鉀肥，果實進入膨大期后，進行葉面追肥。三是控制溫度，早春氣溫回升快，注意通風，為增強光照度，冬春大棚栽培棚膜應勤擦拭，忌用舊的聚乙烯棚膜，防止棚膜吸附塵土影響棚內光照。四是合理施肥水，不宜溫灌，穗果膨大期澆一次水即可。追氮肥時，每畝尿素不超過20公斤，氫銨不超過5公斤。在肥水充足的前提下，同時進行二氧化碳施肥，效果更佳。
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