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玉米果穗上出現各種顏色的發霉籽粒被稱為穗腐病。在灌漿成熟階段如遇到連陰雨，一些品種可以出現約50%的果穗發生穗腐病，嚴重影響產量和質量。引起籽粒發霉的病菌很多，其中許多能產生對人和動物有害的毒素。穗腐病的發生與氣候關系密切，也與品種的抗性有關。如果田間玉米果穗被害蟲咬食，穗腐病就會更重。為減輕霉菌毒素對人畜的危害，在收玉米時，盡量撿除嚴重發霉的穗子，或在脫粒時注意去除霉粒。由于穗腐病發生在后期，因此控制方法主要是選種抗性強、果穗苞葉包裹緊的品種。同時要合理密植和施肥、及時收獲和晾曬、控制玉米螟等害蟲對穗部的危害，以減輕穗腐病的發生。
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